27 апреля 1999 года в г. Вена был подписан Протокол между Президентом Республики Таджикистан и заместителем Генерального секретаря ООН о создании Агентства по контролю за наркотиками, непосредственно подчиняющегося Главе государства.
В соответствии с протоколом, Таджикистан брал на себя обязанности по созданию Агентства и его правовой базы, внесению соответствующих изменений и дополнений в законодательство, проведению конкурсного отбора специалистов, выделению помещения и т.д. УНП ООН обязалось разработать проект Программы по технической и финансовой поддержке создаваемого Агентства, оказать помощь в подготовке и повышении квалификации сотрудников, создании центра по сбору, обработке и анализу информации.
Указом Президента РТ от 1 июня 1999 года, №1218 был создан новый правоохранительный орган – Агентство по контролю за наркотиками при Президенте Республики Таджикистан, который был призван осуществлять государственную политику, межведомственную координацию, а также координацию международного сотрудничества в сфере законного оборота наркотических средств, психотропных веществ и прекурсоров, противодействия их незаконному обороту и злоупотреблению.